1998年《中國水產科學》獲得全國優秀水產報刊評選一等獎。2000年獲首屆《中國學術期刊(光盤版)》檢索與評價數據規范執行優秀獎。2002年榮獲第三屆“全國優秀農業期刊獎”。2012年獲得“中國國際影響力優秀學術期刊”稱號。自創刊以來, 先后五次被評為“中國百種杰出學術期刊”，連續多年全國科技類期刊綜合排名前十位，并連續5次獲“中國精品科技期刊”稱號。2013年獲得全國“百強期刊”榮譽。

　　《中國水產科學》被國內三大主流期刊評價體系收錄為統計刊源，分別為中國科學引文數據庫(CSCD)核心庫、中國科技論文與引文數據庫(CSTPCD)核心庫以及《中文核心期刊》要目總覽核心庫。國際方面被多家權威知名數據庫收錄，如被荷蘭Scopus數據庫，美國《海洋文摘》、《化學文摘》、《劍橋科學文摘》《生物學文摘》數據庫，英國《動物學記錄》數據庫，俄羅斯《文摘雜志》數據庫以及聯合國《水科學和漁業文摘》收錄。在國內外具有較高影響力。