已被北大中文核心、中國科技核心期刊（CSCI）、中國社會科學引文索引（CSSCI）擴展版、中國科學引文數據庫（CSCD）擴展版、日本科學技術振興機構數據庫（JST）等國內外多種知名檢索系統收錄。2021、2022年連續兩年入選“中國國際影響力優秀學術期刊”。目前《中國科學基金》在中國學術期刊影響因子年報統計期刊復合影響因子為2.712；在中國科技核心期刊（CSCI）統計影響因子為1.712，在“自然科學綜合”類學科排名第3位。