《應用生態學報》已成為國內外有影響力的中國生態學刊物，入選“中國期刊方陣”（雙效期刊）、“中國科技核心期刊”、“中文核心期刊”，被《中國科學引文數據庫》（CSCD，核心期刊）、《中國科技論文與引文數據庫》（CSTPCD）、《中國學術期刊綜合評價數據庫》（CAJCED）、《萬方數據庫》、《中國期刊全文數據庫》（GJFD）、《中國學術期刊全文數據庫》、《中文科技期刊文摘數據庫》、美國《生物學文摘》（BA）、《化學文摘》（CA）、英國《生態學文摘》（EA）、日本《科學技術文獻速報》（CBST）和俄羅斯《文摘雜志》（AJ）等國內外十多家權威檢索系統和數據庫收錄。曾獲全國優秀科技期刊三等獎（1992年）、中國科學院優秀期刊二等獎（1992、1996、2000年）、百種中國杰出學術期刊（2004年）和中國最具國際影響力學術期刊稱號。