本刊榮獲首屆“國家期刊獎”；2001年入選為“中國期刊方陣”雙高期刊。2002年被評為第2屆“國家期刊獎”百種重點科技期刊和第3屆“中國優秀科技期刊獎”；2002~2015連續14屆榮獲“百種中國杰出學術期刊”稱號；2008、2011、2014年連續三屆榮獲“中國精品科技期刊”稱號；2011年榮獲第2屆“中國出版政府獎”期刊獎提名獎；2013年被國家新聞出版廣電總局推薦為“百強科技期刊”。
據中國科學技術信息研究所公布的核心期刊引文數據統計結果，2015年《藥學學報》影響因子：1.149，總被引頻次：3041。
本刊自1998～2005年來連續8年榮獲中國科協“擇優支持基礎和高科技學術期刊”專項資助。2006~2015年榮獲中國科協精品科技期刊工程項目資助。