中國科學引文數據庫(CSCD)來源期刊、中文綜合性科學技術類核心期刊、《中文核心期刊要目總覽》核心期刊(北大核心)，影響因子和總被引頻次近年來一直在綜合類科技期刊和師范院校學報中居于前列;并多次獲得“中國高校精品科技期刊”“陜西省科技期刊精品獎”“百種中國杰出學術期刊”“中國高校百佳科技期刊”“中國高校優秀科技期刊”“陜西省高校名刊”等獎項，受到教育部科學技術司、陜西省新聞出版局、中國科學技術信息研究所、中國高校科技期刊研究會、陜西省科技期刊編輯學會、陜西省高校學報研究會等有關部門的表彰獎勵。

　　2019年，《陜西師范大學學報(自然科學版)》成功入選由中國科協、財政部、教育部、科技部、國家新聞出版署、中國科學院、中國工程院七部委聯合實施的“中國科技期刊卓越行動計劃”，成為“中國科技期刊卓越行動計劃”梯隊類資助期刊，資助經費40萬元/年、資助期2019—2024年。2021年，《陜西師范大學學報(自然科學版)》入選“三秦卓越科技期刊”重點期刊。