1、2017、2020年連續(xù)入選北京大學(xué)《中文核心期刊要目總覽》第8版和第9版。

　　2、2007年學(xué)報(bào)首次躋身“中國(guó)科技核心期刊”之列，至今連續(xù)入圍“中國(guó)科技核心期刊”。

　　3、2006、2008年，本刊榮獲教育部科學(xué)技術(shù)司、中國(guó)高�？萍计诳�研究會(huì)首屆、第2屆“中國(guó)高�？萍计诳�特色獎(jiǎng)”;2010、2012、2014、2018、2020、2022年，本刊連續(xù)榮獲“中國(guó)高�？萍计诳瘍�(yōu)秀獎(jiǎng)”稱號(hào)。

　　4、2008年2月獲2006-2007年新疆優(yōu)秀科技期刊二等獎(jiǎng)。

　　5、2005年8月獲2004-2005年新疆優(yōu)秀科技期刊三等獎(jiǎng)暨二級(jí)期刊。

　　6、2003年12月獲2002-2003年新疆優(yōu)秀科技期刊獎(jiǎng)暨二級(jí)期刊。

　　7、1999年10月獲第四屆新疆優(yōu)秀科技期刊三等獎(jiǎng)。

　　8、1996年6月獲第三屆新疆優(yōu)秀科技期刊綜合效益獎(jiǎng)。

　　9、1992年11月4日，中國(guó)高等院校自然科學(xué)學(xué)報(bào)研究會(huì)CUJA委員會(huì)向石河子農(nóng)學(xué)院學(xué)報(bào)頒發(fā)紀(jì)念CUJA創(chuàng)建10周年綜合數(shù)據(jù)三等獎(jiǎng)榮譽(yù)證書。