《東南大學學報(自然科學版)》和Journal of Southeast University(English Edition) 是東南大學主辦的以機械動力、能源環境、材料科學、電力電氣、通信工程、電子工程、計算機工程、自動控制、儀器科學、土木交通和生物醫學等專業學科為主的學術期刊。

　　《東南大學學報(自然科學版)》被美國《工程索引》(Ei Compendex)、英國《科學文摘》、中國科學引文數據庫(CSCD)、《中文核心期刊要目總覽》、中國科技論文統計源期刊等數據庫收錄。Journal of Southeast University (English Edition) 被美國《工程索引》(Ei Compendex)、英國《科學文摘》等7家國際重要數據庫收錄。

　　《東南大學學報(自然科學版)》2005年獲第三屆國家期刊獎百種重點期刊獎，2006—2014年連獲5屆中國高校精品科技期刊獎，2008—2011年連獲4屆中國科技論文在線優秀期刊一等獎，2008年被中信所評為百種中國杰出學術期刊，2008、2011、2014和2017年被中信所評為中國精品科技期刊，2009—2017年連續被評為RCCSE中國權威學術期刊，2012年入選2012中國最具國際影響力學術期刊，2013、2018和2021年獲首屆、第二屆和第三屆江蘇省新聞出版政府獎期刊獎，2015年入選2014年江蘇十強科技期刊，2016、2018、2020和2022年入選中國高校百佳科技期刊。Journal of Southeast University (English Edition) 2010年和2012年獲第三屆和第四屆中國高校優秀科技期刊獎，2016、2018、2020和2022年入選中國高校優秀科技期刊。